Agenda utama yang dijalankan adalah memberikan edukasi sanitasi sehat secara masif dan berkelanjutan kepada masyarakat suku-suku asli di berbagai lembah dan perbukitan. PMI tidak hanya datang membawa bantuan fisik, tetapi juga membawa pengetahuan tentang pentingnya mencuci tangan dengan sabun, penggunaan air bersih untuk konsumsi, serta pengelolaan limbah rumah tangga yang benar. Pendekatan yang dilakukan bersifat kultural dan partisipatif, di mana relawan PMI bekerja sama dengan tokoh adat dan pemuka agama untuk menjelaskan konsep kebersihan dalam bahasa lokal yang mudah dimengerti oleh warga setempat.
Tujuan utama dari program edukasi ini adalah untuk cegah penyakit endemik yang selama ini masih sering menghantui wilayah pedalaman, seperti diare, malaria, dan berbagai infeksi saluran pencernaan lainnya. Penyakit-penyakit ini seringkali dianggap sebagai hal biasa oleh sebagian warga, padahal dampaknya sangat besar terhadap angka kematian bayi dan balita. Dengan memperbaiki pola perilaku hidup bersih, diharapkan angka penularan penyakit dapat ditekan secara signifikan tanpa harus selalu bergantung pada intervensi obat-obatan kimia yang pasokannya seringkali terbatas di wilayah terpencil.
Kehidupan di pedalaman Papua memiliki tantangan tersendiri dalam hal ketersediaan infrastruktur pendukung. Oleh karena itu, selain memberikan materi edukasi sanitasi sehat, PMI Papua juga membantu masyarakat membangun sarana MCK (Mandi, Cuci, Kakus) komunal yang menggunakan teknologi sederhana namun efektif, seperti sistem filtrasi air alami dan lubang biopori. Semua fasilitas ini dibangun dengan melibatkan tenaga kerja warga lokal agar mereka merasa memiliki dan bertanggung jawab untuk memeliharanya. Keberlanjutan program adalah kunci keberhasilan yang selalu ditekankan oleh tim lapangan.
Komitmen bahwa PMI Papua fokus pada peningkatan kualitas hidup warga ini juga mencakup pemberian bantuan alat-alat kebersihan dasar bagi keluarga yang membutuhkan. Edukasi yang diberikan tidak hanya menyasar orang dewasa, tetapi juga anak-anak sekolah sebagai agen perubahan di masa depan. Melalui permainan dan metode belajar yang menyenangkan, anak-anak diajarkan untuk bangga hidup bersih. Langkah ini dipercaya sebagai cara paling efektif untuk memutus mata rantai penularan cegah penyakit endemik yang sudah berlangsung turun-temurun akibat kurangnya literasi kesehatan di wilayah tersebut.